近日,課題組采用羅氏454測序平臺,分別完成了堿、淡水雅羅魚的鰓、腎組織的轉錄組表達差異測序研究。
測序共得到1,826,022條序列,其中有效序列1,683,616條,平均長度298bp。序列經Newbler軟件拼接得到30,606個contigs,平均長度為1,022bp。蛋白質數據庫比對發現,19,196個contigs具有明確的生物學功能,與斑馬魚匹配的同源蛋白多達16,000條;數字差異表達譜分析顯示,共有2247個基因在鰓、腎組織中發生顯著變化,其中上調基因1049個,下調基因1198個。
目前測序數據的初步分析、整理工作已接近尾聲,數據深度挖掘工作正在有序進行中。該項目的開展對揭示魚類耐鹽堿機理、培育性狀優良的耐鹽堿新品種,具有十分重要的科學意義。