近日，由黑龍江所孫效文研究員領(lǐng)銜的國際合作研究團(tuán)隊完成了鯉魚全基因組序列圖譜繪制，并揭示其獨(dú)特的全基因組復(fù)制事件。這是國際上首個完成全面解析的異源四倍體硬骨魚類基因組圖譜。該研究成果以Article形式在線發(fā)表于2014年9月21日在《自然-遺傳》 (Nature Genetics)雜志(DOI 10.1038/ng.3098)。

　　鯉魚是全球分布和養(yǎng)殖范圍最廣泛的經(jīng)濟(jì)魚類之一，是我國具有代表性的淡水養(yǎng)殖魚類，是最有條件利用基因組資源進(jìn)行品種改良的水產(chǎn)養(yǎng)殖物種。鯉魚基因組由100條染色體組成，是迄今完成全基因組測序的脊椎動物中染色體數(shù)目最多的物種。

　　該研究團(tuán)隊完成了雌核發(fā)育鯉魚的基因組深度測序、精細(xì)圖譜繪制和基因組注釋，其基因組由16.9億堿基組成，含有52610個功能基因，約為多數(shù)硬骨魚類基因數(shù)目的兩倍。研究團(tuán)隊從基因組尺度證實(shí)了鯉魚基因組的異源四倍體特征及其獨(dú)特的全基因組復(fù)制事件，分子鐘證據(jù)表明鯉魚基因組四倍化大約發(fā)生在820萬年前，是迄今在脊椎動物中發(fā)現(xiàn)的最近的全基因組倍增事件。研究團(tuán)隊還開展了全球10個代表性品系(種群)33尾鯉魚的基因組重測序研究，首次繪制了全球鯉魚的單堿基分辨率基因組遺傳變異圖譜。此外，通過全基因組多態(tài)性掃描和比較轉(zhuǎn)錄組分析等手段，識別和定位了鯉魚鱗被缺失、體色決定等性狀相關(guān)的遺傳位點(diǎn)、功能基因和調(diào)控通路。

　　鯉魚全基因組序列圖譜的完成，標(biāo)志著鯉科魚類重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳解析和遺傳選育研究全面進(jìn)入基因組時代。對于解析鯉科魚類生長、品質(zhì)、抗病、抗逆等重要經(jīng)濟(jì)性狀的分子機(jī)制具有重要意義，同時也為研究脊椎動物基因組進(jìn)化和基因衍化機(jī)制提供了寶貴的數(shù)據(jù)和模型，為開展全基因組選擇育種，培育品質(zhì)優(yōu)良的鯉魚新品種奠定了堅實(shí)基礎(chǔ)，具有重要的理論意義和應(yīng)用價值。