水產遺傳育種學科成立于1986年，該學科緊緊圍繞北方特殊生境下的魚類良種選育這一核心問題，致力于解決區域、乃至全國淡水漁業產業有關“種”的重大技術問題，從種質資源收集、保存、育種技術創新到優質新品種創制等方面開展了卓有成效的工作。
水產遺傳育種學科為黑龍江水產研究所的優勢學科，先后培育松浦鯉、松浦鏡鯉、松浦紅鏡鯉、易捕鯉、鱘龍1號等優良品種（品系），為我國淡水水產養殖提供了堅實的種質和技術保障，因在鯉育種領域取得的突出成就，2015年獲得國家科技進步二等獎；我國第一個開展虹鱒養殖繁育技術研究的機構，培育的“渤海虹鱒、金鱒”優質苗種輻射全國主要冷水魚養殖區，突破了虹鱒全雌及三倍體規模化制種技術，有望打破歐美漁業發達國家的壟斷；另外，突破了引進品種山女鱒、白斑紅點鮭，土著品種細鱗鮭、哲羅鮭、亞東鮭、黑斑狗魚等的保種及繁育技術，并在全國范圍內進行苗種和養殖技術的推廣；完成土著種品種灘頭雅羅魚、瓦氏雅羅魚的人工馴養及繁殖技術研究，篩選出適于我國鹽堿水域養殖的耐鹽堿魚類新品系2個。
主要研究方向：
大宗魚類遺傳育種。利用傳統育種技術和現代生物技術相結合的方法，開展大宗淡水魚類的種質資源保護、利用與新品種選育及應用工作。重點培育具有抗逆強、肉質好、養殖潛力大的優良品種（品系），同時開展良種評價和優良性狀保持技術研究，為良種體系建設提供技術支撐；
冷水性魚類遺傳育種。依據我國的冷水性魚類產業發展的實際需求狀況,采用水產動物多性狀復合育種技術，開展以鮭科魚類為主的冷水性水域增養殖品種的定向選育、遺傳改良、種質收集及遺傳管理，重點培育具有生長性能優良抗逆性強的優良品種(品系)；
耐鹽堿魚類遺傳育種。北方魚類重要經濟性狀的遺傳解析，并利用研究結果建立分子設計育種技術，培育抗逆新品種；從生理生化、分子遺傳、生物進化等方面，闡明水生生物的抗逆機制；重點研究的性狀：耐低溫、耐高堿、耐低氧等。
