黑龍江水產研究所水產病害防治技術學科針對我國冷水性魚類及北方地區主養魚類的重大病害問題，開展基礎研究、應用基礎研究和相應的技術研發，以產業需求為導向，在病原生物學、分子流行病學、免疫防控技術等方面取得重要突破，預期通過重大疫病的監測預警，聯合疫苗及抗病生物活性物質的應用，為水產養殖業的綠色高效發展提供理論基礎和技術支撐。重點研究方向包括：（1）魚類流行病學研究：厘清重要疫病的流行發生規律，建立病原庫及分子流行病學數據庫，建立重要疫病的診斷技術；（2）病原宿主互作機理研究：解析重要病原的致病機理及宿主抗感染免疫應答機制；（3）新型漁藥創制研究：研發重要疫病的快檢試劑盒，創制疫苗、中草藥、益生菌、噬菌體等新型漁藥，突破漁藥產業化關鍵技術。
學科所在部門“水產病害與防治研究室”現有固定人員9名，其中高級職稱4名，博士學位6人，研究生導師3人。“冷水性魚類病害防控創新團隊”成為首批中國水產科學研究院科技創新團隊。近五年來，團隊成員承擔國家級、省部級等各類科研項目20余項，其中包括國家自然科學基金、國家科技支撐計劃、黑龍江省重點項目、黑龍江省自然科學基金、中國博士后基金、院所基本科研業務費等，并在鮭鱒重要病毒性疫病和細菌性疫病防控方面取得重要進展，成功構建傳染性造血器官壞死病IHN的核酸疫苗，已獲批開展農業轉基因生物安全評價；成功構建多種細菌病滅活疫苗并完成實驗室水平驗證。近五年在國內外學術期刊上發表科研論文100余篇，其中SCI 30余篇，主編或參編著作5部；授權專利10余項，其中發明專利8項，授權軟件著作權1項；獲省部級、地市級等各級獎勵5項；培養博士后2人、研究生20余人。此外，研究團隊積極開展密切的國際、國內科研合作與學術交流，承擔各級部門交付的監測檢測、技術培訓及應急性工作，積極參與魚類重要疫病防控技術體系的科學構建工作，力爭提高魚類疫病防控技術水平，推動我國水產養殖業的健康可持續發展。
