黑龍江水產研究所創建于1950年,前身為東北人民政府農業部哈爾濱水產試驗場，是我國建立最早的淡水水產科研機構，隸屬于農業部中國水產科學研究院。其主要任務是面向黑龍江流域和北方寒冷地區漁業生產，以北方主養魚類和冷水性魚類為主要研究對象，從事魚類增養殖、遺傳育種、水產生物技術、漁業資源和漁業環境保護方面的公益性、應用基礎性研究工作上級核定我所的機構編制為230人,非營利機構編制80人。在職職工148人，離退休職工104人。在職職工中科技人員117人,其中正高級職稱22人，副高級職稱27人，中級職稱44人，初級及以下職稱24人；有省部級突出貢獻專家3名。享受政府特貼專家3名，院首席科學家2名；研究生導師13名。
所內設有遺傳育種與生物技術研究室、養殖研究室、資源研究室、環境研究室。科技部、農業部、黑龍江省等依托我所建立了“淡水魚類育種國家地方聯合工程實驗室”、“農業部水產生物技術重點開放實驗室”、“黑龍江省冷水性魚類種質資源與增養殖技術實驗室”、 “黑龍江省冷水性魚類遺傳育種工程技術中心”、“農業部漁業環境及水產品質量監督檢驗測試中心”、“農業部黑龍江流域漁業生態環境監測中心”和“農業部黑龍江江流域漁業資源環境重點野外科學試驗站”。
自建所以來,黑龍江水產研究所在各級領導的關懷和支持下，經過全所幾代人的艱苦奮斗，取得了令人矚目的科技成就，在科學研究領域，先后承擔了國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）、國家高技術研究發展計劃（863計劃）、國家自然科學基金、國家重點科技攻關、省部級等重大科研計劃項目800余項，取得科研成果140余項，其中獲得國家科技進步獎6項，省、部級科技進步獎69項，一批科研成果達到了國際先進水平；在科技成果轉化領域，瞄準漁業生產實際，以品種開發帶動產業經濟發展，實現致富一方農民，保護一個物種的目標，取得了經濟效益和社會效益雙豐收，推動了全國漁業尤其是“三北”地區冷水性漁業的快速發展。
1996年我所被農業部評為全國農業“百強研究所”，1997年被原國家科委確定為改革與發展重點研究所。2006 年，在全國農業科研機構綜合能力評估中，我所在全國排名第21位，在農業部直屬科研機構中排名第8位，在全國水產行業和黑龍江省（含中直單位）均排名第1位。2003年我所被黑龍江省委省政府授予省級文明單位稱號。2002年進入國家非營利性科研機構。自進入科技創新體系以來，綜合實力得到了快速發展，已逐步建設成各類設施完善、科研儀器先進的現代化水產研究機構，在冷水性魚類研究和魚類生物工程育種方面處于國內領先地位。
目前我所按照“突出特色，保持優勢，抓住機遇，加快發展”的建設思路，全所職工正以飽滿的熱情、拼搏的精神，為把黑龍江水產研究所建成“國際一流，國內領先”的水產科研機構而努力奮斗.