黑龍江水產(chǎn)研究所創(chuàng)建于1950年,前身為東北人民政府農(nóng)業(yè)部哈爾濱水產(chǎn)試驗場，是我國建立最早的淡水水產(chǎn)科研機構(gòu)，隸屬于農(nóng)業(yè)部中國水產(chǎn)科學(xué)研究院。其主要任務(wù)是面向黑龍江流域和北方寒冷地區(qū)漁業(yè)生產(chǎn)，以北方主養(yǎng)魚類和冷水性魚類為主要研究對象，從事魚類增養(yǎng)殖、遺傳育種、水產(chǎn)生物技術(shù)、漁業(yè)資源和漁業(yè)環(huán)境保護方面的公益性、應(yīng)用基礎(chǔ)性研究工作上級核定我所的機構(gòu)編制為230人,非營利機構(gòu)編制80人。在職職工148人，離退休職工104人。在職職工中科技人員117人,其中正高級職稱22人，副高級職稱27人，中級職稱44人，初級及以下職稱24人；有省部級突出貢獻專家3名。享受政府特貼專家3名，院首席科學(xué)家2名；研究生導(dǎo)師13名。

所內(nèi)設(shè)有遺傳育種與生物技術(shù)研究室、養(yǎng)殖研究室、資源研究室、環(huán)境研究室。科技部、農(nóng)業(yè)部、黑龍江省等依托我所建立了“淡水魚類育種國家地方聯(lián)合工程實驗室”、“農(nóng)業(yè)部水產(chǎn)生物技術(shù)重點開放實驗室”、“黑龍江省冷水性魚類種質(zhì)資源與增養(yǎng)殖技術(shù)實驗室”、 “黑龍江省冷水性魚類遺傳育種工程技術(shù)中心”、“農(nóng)業(yè)部漁業(yè)環(huán)境及水產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)督檢驗測試中心”、“農(nóng)業(yè)部黑龍江流域漁業(yè)生態(tài)環(huán)境監(jiān)測中心”和“農(nóng)業(yè)部黑龍江江流域漁業(yè)資源環(huán)境重點野外科學(xué)試驗站”。

自建所以來,黑龍江水產(chǎn)研究所在各級領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)懷和支持下，經(jīng)過全所幾代人的艱苦奮斗，取得了令人矚目的科技成就，在科學(xué)研究領(lǐng)域，先后承擔(dān)了國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（973計劃）、國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃（863計劃）、國家自然科學(xué)基金、國家重點科技攻關(guān)、省部級等重大科研計劃項目800余項，取得科研成果140余項，其中獲得國家科技進步獎6項，省、部級科技進步獎69項，一批科研成果達到了國際先進水平；在科技成果轉(zhuǎn)化領(lǐng)域，瞄準(zhǔn)漁業(yè)生產(chǎn)實際，以品種開發(fā)帶動產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟發(fā)展，實現(xiàn)致富一方農(nóng)民，保護一個物種的目標(biāo)，取得了經(jīng)濟效益和社會效益雙豐收，推動了全國漁業(yè)尤其是“三北”地區(qū)冷水性漁業(yè)的快速發(fā)展。

1996年我所被農(nóng)業(yè)部評為全國農(nóng)業(yè)“百強研究所”，1997年被原國家科委確定為改革與發(fā)展重點研究所。2006 年，在全國農(nóng)業(yè)科研機構(gòu)綜合能力評估中，我所在全國排名第21位，在農(nóng)業(yè)部直屬科研機構(gòu)中排名第8位，在全國水產(chǎn)行業(yè)和黑龍江省（含中直單位）均排名第1位。2003年我所被黑龍江省委省政府授予省級文明單位稱號。2002年進入國家非營利性科研機構(gòu)。自進入科技創(chuàng)新體系以來，綜合實力得到了快速發(fā)展，已逐步建設(shè)成各類設(shè)施完善、科研儀器先進的現(xiàn)代化水產(chǎn)研究機構(gòu)，在冷水性魚類研究和魚類生物工程育種方面處于國內(nèi)領(lǐng)先地位。

目前我所按照“突出特色，保持優(yōu)勢，抓住機遇，加快發(fā)展”的建設(shè)思路，全所職工正以飽滿的熱情、拼搏的精神，為把黑龍江水產(chǎn)研究所建成“國際一流，國內(nèi)領(lǐng)先”的水產(chǎn)科研機構(gòu)而努力奮斗.