東北農業大學水產養殖系成立于1999年并招生，隸屬于動物科學技術學院。本學科現有教師10人，其中教授4名，副教授3名，中級職稱3名；有博士生導師1人，碩士生導師5人；具有博士學位的教師7人，碩士學位3人；4人有國外進修或訪問學者經歷。師資隊伍高學歷，結構合理，教學與科研經驗豐富，實力雄厚。水產養殖實驗中心具有先進的儀器設備，并與學院所屬的國家重點學科及其實驗室共享資源。承擔國家級、省部級課題30余項；發表論文300余篇，其中SCI源期刊20余篇；撰寫全國統編教材10余部；獲省部級獎16項；發明專利6項。本科畢業生600余人，遍及全國各地；招收碩士研究生80余人，博士研究生4人。
東北農業大學水產養殖系是黑龍江省“冷水性魚類產業技術創新戰略聯盟”的主要成員，是“淡水魚類育種國家地方工程實驗室”主要依托單位。在教學與科研上以冷水性魚類及土著魚類的遺傳育種、增養殖和病害防治為特色，以水產動物營養與飼料為優勢，充分發揮農業院校強大的學科門類及交叉的優勢，奠定了堅實的科研基礎和學術地位。作為黑龍江省唯一的一個水產養殖本科專業，東北農業大學水產養殖系為我省水產行業高級人才的培養做出了突出貢獻。