新疆維吾爾自治區水產科學研究所成立于1988年，是全疆唯一集漁業基礎科學研究、養殖新品種、新技術推廣與漁業病害防治、水域環境監測、水產品質量安全檢測和良種繁育、養殖生產試驗示范為一體的水產綜合性科研單位。
本單位科研設施較為完善，擁有科研及辦公樓3000 m2、現代化實驗儀器百余臺套。所內設有新疆魚類標本館70m2，館藏新疆土著魚類43種屬，是我區規模最大、收錄魚類種類最齊全、數量最多的資源共享基地。單位下設新疆水生野生動物救護中心，2009年列入第四批農業部水產健康養殖示范場，擁有標準養殖池塘面積600余畝、3座魚苗繁育車間。該中心已成為我區漁業行業的成果轉化基地，新技術、新產品的試驗示范基地和優質魚類苗種的供應基地。
建所26年以來，研究所共承擔國家科技部、農業部、自治區科技廳等下達的各類科研項目和課題100余項，獲得省部級科技進步獎7項、農業部農牧漁業豐收獎3項，出版專著7部，參加編著6部，發表論文200余篇。通過多年的研究探索，我所已在水域漁業資源環境研究與評價、天然水域冷水性魚類增養殖技術、土著魚類人工繁殖與開發利用、瀕危魚類保護研究等研究領域積累了豐富的經驗，具有較大的優勢。