疾病的預防在虹鱒魚養殖中十分重要。虹鱒魚養殖大多采用高密度集約化，更容易發生疾病。加強病害的預防，是提高虹鱒魚成活率和養殖生產經濟效益的重要措施之一。由于魚類生活在水體中，它們的活動變化不易察覺，一旦生病，及時和正確的診斷較困難，治療也較麻煩。虹鱒魚大多采用流水養殖方式，藥物治療效果不佳，內服藥一般只能由魚主動攝入，所以當病情較嚴重、機體已經失去攝食能力時，即使有特效的藥物，也達不到治療效果。體外用藥，一般只適用于小面積的池塘，對流水養殖達到治療效果很困難。另外，現在對于某些疾病還沒有有效的治療方法，如虹鱒稚魚期危害嚴重的病毒性疾病尚處于無藥可醫的狀態。因此，防病工作必須貫徹“無病先防、有病早治、防重于治”的方針，才能避免疾病的發生。
1、養殖場的防病要求
在建場前首先要對場址的地質、水文、水質、氣象、生物、周圍環境及社會條件等方面進行綜合調查，在各方面都符合養殖要求時才能建場。虹鱒魚養殖的主要方式是流水養殖，水源一般以水庫壩下水、山間溪流水和冷泉水為好。要求水量充沛、清潔而無污染；檢疫池要單獨用水，其排除水不能重復使用，每個魚池都要有獨立的進、排水口和排污口。
2、增強機體的抗病力
（1） 人工免疫：采用人工方法給魚體注射、浸浴、口服或噴霧疫苗，使魚體獲得免疫力的方法。國內外對虹鱒魚人工免疫的研究，歷史較長。目前，已應用于生產的主要有：殺鮭氣單胞菌疫苗、弧菌疫苗等。
（2） 培育抗病新品種 通過雜交、理化誘變、生物工程技術等手段，選育出自然免疫的品種。
（3 ） 應用中草藥等免疫增強劑，增強魚體的非特異性免疫力。
3、 控制和消滅病原體
（1 ）建立嚴格的檢疫制度 對進出口魚類執行檢驗檢疫制度，對引進的魚卵、魚苗、商品魚等都要嚴格進行檢疫，預防控制病原體的帶入。
（2 ）池塘消毒 池塘是魚類棲息的場所，也是病原體的滋生及儲藏的場所。池塘環境的優劣，直接影響魚體的生長和健康，所以池塘要經常消毒。由于水泥池池壁容易黏附各種物質，包括病原體，因此應定期洗刷，并用消毒劑 消毒。
（3 ）魚體消毒 在確定病原體前提下，針對病原體的不同，選擇適當的藥物進行消毒處理，也會取得預期的效果。魚體消毒采用藥浴法，虹鱒魚常用的消毒藥物主要有食鹽、漂白粉、高錳酸鉀及聚維酮碘等